南京和杭州都是中国东部沿海地区的经济和文化中心，各自拥有不少高水平的大学和科研机构，因此都是考研的热门选择。具体哪个更好，需要根据个人的专业方向、就业意向等因素进行综合考虑。以下是它们各自的优势：

杭州

经济发达：杭州是中国互联网和电子商务的重镇，拥有阿里巴巴、网易等知名企业，为计算机科学、电子商务等相关专业的学生提供了丰富的实习和就业机会。

文化底蕴深厚：杭州有悠久的历史和美丽的自然风光，生活环境优美，适合学习和生活。

高校资源：浙江大学是杭州乃至全国顶尖的高校，此外还有中国美术学院、浙江工业大学等多所知名高校。

南京

科教中心：南京是国家重要的科教中心，拥有南京大学、东南大学等10所国家211重点高校，以及南京理工大学、南京航空航天大学等多所高水平大学。

专业实力强：南京的高校在工程、医学、农业、师范等领域具有明显优势，如南京大学的计算机科学、东南大学的电子科学与技术等。

生活环境舒适：南京的生活成本相对较低，生活环境舒适，适合学习和生活。

建议

如果你对计算机科学、电子商务等前沿领域感兴趣，并且希望在未来从事相关领域的工作，杭州可能更适合你。杭州不仅有浙江大学这样的顶尖高校，还有阿里巴巴等知名企业，为你的职业发展提供了广阔的平台。

如果你对历史文化、理工科或医学等领域有浓厚兴趣，南京的高校可能更适合你。南京拥有丰富的历史文化遗产和现代化城市设施，且高校众多，学术氛围浓厚。

综合考虑经济和产业发展、城市能级与区域影响力等因素，杭州和南京各有优势。杭州在数字经济和新经济领域有显著优势，而南京在科教资源和工程、医学等领域具有明显优势。选择哪个城市更好，还需结合个人的专业方向、就业意向和生活偏好进行综合考虑。