在《巴黎圣母院》中，被判处死刑的女囚是吉普赛少女爱斯梅拉达。她因与卫队长孚比斯私通并怀有身孕，触犯了当时的宗教与道德规范，最终被判处死刑。

具体情节如下：

私通与陷害：

爱斯梅拉达在街头卖艺时与英俊的卫队长孚比斯相识并产生感情。助祭长克洛德因嫉妒其美貌，暗中将她劫持并企图强暴，但被孚比斯救出。

陷害与审判：

克洛德在孚比斯被救后，指使教会以“女巫”罪名起诉爱斯美拉达，尽管巴黎圣母院享有圣地避难权，但法院仍决定逮捕她。

行刑与营救：

爱斯美拉达在行刑前被卡西莫多救出并藏匿于圣母院，但克洛德再次设计陷害，导致她被误认为女巫并被处决。

卡西莫多在爱斯美拉达被处决后，因悲愤将克洛德推下教堂顶楼致死，并最终与她的尸体同归于尽。这一情节体现了作品对宗教伪善与人性光辉的深刻批判。