3S考研的专业主要包括以下几种：

地图学与地理信息系统：

这是GIS专业的研究生专业，涉及地理信息的获取、处理、分析和显示等方面。

地图制图学与地理信息工程：

这也是GIS专业的研究生专业，侧重于地图的制作、编辑和地理信息系统的设计与应用。

测绘科学与技术：

这是测绘专业的考研专业，涵盖大地测量、摄影测量与遥感、地图制图与地理信息工程等方面。

测绘工程（资源与环境）：

这也是测绘专业的考研专业，侧重于自然资源的调查、监测和管理，以及环境保护与可持续发展。

3S集成与气象应用：

这是南京信息工程大学考研的专业，涉及地理信息系统、气象学、计算机科学等多个领域的集成应用。

大气科学：

虽然3S属于大气科学类，但通常作为边缘学科处理，考研时可以选择地理学下的地图学与地理信息系统专业。

建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业。例如，对GIS和地图学感兴趣的同学可以选择地图学与地理信息系统或地图制图学与地理信息工程专业；对测绘技术感兴趣的同学可以选择测绘科学与技术或测绘工程（资源与环境）专业；对3S集成与气象应用感兴趣的同学可以选择该专业。同时，考虑到各院校的招生情况和专业特色，建议选择有较强实力和良好就业前景的院校进行报考。