根据搜索结果，临床考研时北京医科院校的医院选择需结合专业方向、学术声誉和就业前景综合考量。以下是主要推荐及对比分析：
一、顶尖综合医院推荐
北京协和医学院（协和医院） - 临床医疗水平全国领先，妇产科大内科、阜外心内科、八大处整外等科室国际知名。
- 科研实力强，与上海交通大学医学院齐名，适合科研型考生。
- 临床型硕士以科研为主，三年学习几乎全在实验室，录取门槛高但竞争公平。
北京大学医学部（北医）
- 基础医学和口腔医学培养质量突出，附属医院（如北大医院、北医三院）在普胸、骨科、妇产科等领域全国领先。
- 专硕读博机会多，地理位置优势明显，毕业生就业率高。
二、特色专科医院推荐
北京协和医学院附属医院
- 中国医学科学院北京协和医院（综合医院）、阜外医院（心血管病）、肿瘤医院（肿瘤学）等6家直属医院，临床资源丰富。
北京大学医学部附属医院
- 北大医院（泌尿外科、皮肤科）、北医三院（妇产科、骨科）、积水潭医院（骨科）等，在各自领域具有全国顶尖水平。
其他知名医院
- 中山大学医学院： 华南地区临床药学实力强，附属医院专科水平全国一流。 - 首都医科大学宣武医院
三、选择建议
科研型考生：优先考虑协和或北医，但需注意临床型硕士不临床、科研型竞争激烈。
临床型考生：可关注北医的积水潭、北医三院，或协和的普外科、妇产科，这些医院临床资源更丰富。
地区偏好：北京协和、北医集中在北京，就业机会多；中山大学医学院在华南地区有优势。
四、注意事项
协和、北医录取门槛高，需结合初试成绩、复试表现及专业方向综合评估。
临床型硕士与专硕培养方向不同，需提前确认目标院校的具体要求。
综上，临床考研时协和、北医是综合实力最强的选择，积水潭、北医三院等专科医院在特定领域具有突出优势，考生可根据专业方向和职业规划进行选择。
