选择考研的学校时，可以考虑以下因素：

专业背景与实力

南航：在机械工程、航空宇航科学与技术、飞行器设计、航空宇航推进理论与工程、航空宇航制造工程、人机环境与工程、力学、机械制造及其自动化、导航、制导与控制、电力电子与电力传动等专业方面具有显著优势。

东南大学：综合实力高，竞争激烈，机械工程专业并非其强项，但学校是985高校，性价比相对较低。

地理位置与就业

南航：位于南京，南京是航空航天领域的重要城市，就业前景较好，尤其是进入国防科研单位。

东南大学：同样位于南京，就业范围较广，但机械专业就业竞争可能较大。

考研难度

南航：研究生各专业的复试线不同，但总体来说，报考南航的生源不会太差，以理工科学生为主，录取较为严格。

东南大学：分数线较高，机械专业竞争激烈，尤其是学硕扩展人数较少，专硕招生人数较多。

个人兴趣和职业规划

南航：如果你对航空航天领域有浓厚的兴趣，或者希望未来从事与航空航天相关的工作，南航无疑是一个理想的选择。

东南大学：如果你对计算机科学、电子工程等领域有浓厚的兴趣，或者希望未来在这些领域发展，东南大学可能更适合你。

学校层次与品牌效应

南航：211高校，属于国防七子之一，地理位置在南京，控制学科较强。

东南大学：985高校，整体实力较强，学校牌子显著，就业前景较好，尤其是工学领域。

综合建议

如果你更倾向于在航空航天领域发展，尤其是机械工程专业，并且希望在南京就业，南航是一个不错的选择。南航的机械专业实力强，考研相对容易，且就业前景较好。

如果你对计算机科学、电子工程等领域有浓厚的兴趣，或者希望未来在这些领域发展，东南大学可能更适合你。东南大学的综合实力高，虽然竞争激烈，但学校品牌效应显著，就业前景广阔。

最后，建议详细查阅南京航空航天大学和东南大学的官方网站或招生简章，了解各个学院和专业的具体设置、研究方向和师资力量，以便作出更加明智的选择。