根据搜索结果，南京在考研招生中相对公平、较少存在歧视的院校主要包括以下几所，综合多个信息源整理如下：

一、综合类高校

南京大学

985/211/双一流综合类高校，C9联盟成员，不接受校外调剂，严格保护第一志愿考生。 - 复试范围广且公平，不问本科背景，曾有考生反映校内调剂机制合理。

东南大学

985/211综合类高校，以工科见长，复试采用抽签方式，不歧视双非考生。 - 初试与复试比例1:1，复试注重个人能力而非本科背景。

南京农业大学

双一流211农林类高校，调剂分数线较高，复试几乎不问本科情况，公平性较强。 - 保护第一志愿考生，校内调剂优先于校外。

二、特色院校推荐

南京师范大学：

文科类高校，教育领域声誉高，复试注重个人综合素质，不歧视双非。- 南京审计大学：财经类高校，以审计学科为特色，复试公平公正。- 南京邮电大学：电子信息特色鲜明，未提及歧视现象。- 南京林业大学：农林类世界级学科建设高校，调剂分数线高且复试公平。

三、其他说明

南京理工大学：工科实力强，复试过程透明，不歧视本科背景。- 南京工业大学：复试评价体系完善，调剂政策合理。 总结

南京大学、东南大学、南京农业大学在考研招生中以公平性著称，尤其重视初试成绩与复试能力的综合评估，较少因本科背景产生歧视。其他院校如南京师范大学、南京审计大学等也在不同领域保持较高公平性。建议考生结合自身专业和院校特点选择，并参考最新招生简章确认具体政策。