根据搜索结果，南京中医药大学考研时，以下医院相关方向具有较高竞争力，可结合自身情况选择：

一、重点附属医院推荐

南京中医药大学第二临床医学院附属南京中医院

作为国内知名中医医院，其临床科室实力强劲，考研竞争压力较大，但学术资源丰富，推荐报考针灸推拿、中医内科等方向。

南京中医药大学第三临床医学院附属南京中西结合医院

在中西医结合领域具有领先地位，适合中医与西医结合方向考生，临床实践机会多，科研氛围浓厚。

江苏省中科院植物研究所（新中药学院）

专注于中药与植物药研究，适合对中药学、药理学感兴趣的考生，报考需关注其招生简章中的专项计划。

二、其他推荐医院

苏州附属医院、常州附属医院、无锡附属医院、徐州附属医院

这些医院在地方医疗体系中具有较高知名度，临床经验丰富，适合希望获得优质临床资源的考生。

三、选择建议

结合专业方向

根据个人对中医、西医或中西医结合的偏好，优先选择对应领域的重点附属医院。例如，针灸推拿方向可选南京中医院，中西医结合方向建议附南中或附苏中。

参考招生信息

不同医院各具特色，需关注近年在本校的招生专业目录、录取分数及录取比例，结合自身分数和竞争压力综合判断。

平衡竞争与资源

重点附属医院竞争激烈，但能获得更多实习和科研机会；普通医院录取门槛较低，但临床实践机会可能相对较少。需根据职业规划权衡选择。

四、补充说明

南京中医药大学包含多个学院和附属医院，考生可根据具体报考专业（如中医学、中西医结合医学等）进一步筛选目标医院。

建议通过南京中医药大学官网或招生办获取最新招生简章及专业动态，以便做出更精准决策。