根据搜索结果，以下是考研日本史的专业院校推荐，综合多个权威来源整理如下：

一、综合类顶尖高校

东京大学

- 人文社会系研究科设有日本文化研究、亚洲文化研究等史学相关专业，是日本历史研究的顶尖学府，2022年QS世界大学排名第23位，日本大学排名第1位。

- 优势：学术资源丰富，研究领域涵盖日本史、东方史、考古学等，师资力量雄厚。

京都大学

- 文学研究科的历史文化学专攻包含日本史、东方史等方向，2022年QS世界大学排名第33位，日本大学排名第2位。

- 特色：与东京大学齐名，历史学研究方法严谨，注重跨学科融合。

东北大学

- 文学研究科下设有历史科学专攻，是日本率先接收外国学生的国立大学，2022年QS世界大学排名第82位，日本大学排名第5位。

- 优势：东亚研究视角独特，涵盖日本政治、社会史等领域，学术氛围开放。

二、特色研究型院校

九州大学

- 人文科学府设有历史空间论专业，2023年QS世界大学排名第135位，日本大学排名第7位。

- 突出：以历史地理学为特色，结合区域研究方法分析日本史。

北海道大学

- 文学研究科提供历史相关课程，2022年QS世界大学排名第145位，日本大学排名第8位。

- 优势：北海道地方特色鲜明，研究侧重边疆史与民族史。

三、其他推荐院校

首都大学东京：

2020年4月起更名为东京都立大学，历史学研究注重实证与理论结合。

庆应义塾大学：私立名门，文学研究科下有历史专业，研究方向涵盖日本史与世界史。

早稻田大学：社会科学学院提供日本史相关课程，学术研究活跃。

四、选择建议

学术目标：

若追求顶尖学术资源，东京大学和京都大学是首选；若侧重东亚研究，东北大学更具优势。

专业方向：

东京大学侧重综合性研究，京都大学以历史学专业见长，东北大学则强调东亚史视角。

语言要求：

部分院校（如东京大学）英语要求较高，需提前准备语言成绩。

建议结合自身兴趣和职业规划，参考院校官网及招生简章，进一步了解具体专业设置与申请要求。