根据搜索结果，以下是制药工程专业考研的优质院校推荐及综合分析：

一、顶尖综合类院校

中国药科大学（南京）

- 全国药学类排名第一，拥有“211工程”“985工程”及“双一流”建设资质，是唯一入选教育部“卓越工程师教育培养计划”的医药院校，就业率在教育部直属高校中居首。

四川大学（成都）

- 工科实力强，制药工程专业与医学部协同发展，综合类大学的多元文化氛围适合希望接触跨学科研究的考生。

天津大学（北理工）

- 工科特色鲜明，制药工程与化学工程、材料科学等学科交叉融合，适合以工程实践为导向的考研方向。

二、药学专业强校

沈阳药科大学

- 2005年全国高校制药工程专业排名第一，专注药学领域研究，适合专向药学研究的考生。

北京大学医学部/复旦大学

- 医学部药学专业实力突出，附属医院资源丰富；复旦大学药学院在临床药学方向有显著优势。

三、工科特色院校

华东理工大学/天津大学

- 两校在化工、材料等工科领域优势显著，制药工程与工科背景结合紧密，适合希望未来从事工程化生产的考生。

大连理工大学/南京工业大学

- 工科排名前列，制药工程专业注重工程实践与创新，就业竞争力强。

四、其他推荐院校

浙江大学：

综合类大学，多学科交叉资源丰富，适合希望多元化发展的考生。

东南大学/华中科技大学：科研实力强，制药工程与临床结合紧密。

西安交通大学/华南理工大学：工科与药学协同发展，研究领域广泛。

选择建议

明确职业方向：

- 若倾向药学研究，优先选择中国药科、川大；若注重工程实践，可考虑天津大学、华东理工大学；若希望综合发展，浙江大学、北京大学是优质选择。

结合自身实力：

- 排名越高的院校竞争压力越大，建议根据备考能力和职业规划选择匹配院校，避免盲目追求排名。

关注招生信息：

- 部分院校（如中国药科、川大）药学专业录取门槛较高，需关注复试要求及专业调剂政策。

以上推荐综合了院校排名、专业实力及就业前景，考生可根据实际情况进一步筛选。