清华大学：

清华大学生命科学与技术学院拥有优秀的师资队伍和先进的实验设备，研究方向涵盖了微生物基因组学、微生物生态学、微生物代谢工程等热门领域。

北京大学：

北京大学生命科学学院的微生物学系在微生物研究方面有着悠久的历史和深厚的底蕴，师资队伍实力雄厚，包括一些国内外知名的微生物学家。

复旦大学：

复旦大学生命科学学院的微生物学方向以其严谨的学风和卓越的教学质量而蜚声国内外，师资力量强大，与许多知名科研机构合作。

中国科学技术大学：

位于安徽省合肥市，该校在微生物学领域拥有一流的师资队伍和研究设施，不断推进微生物学的研究和应用。

上海交通大学：

微生物学专业是国内颇具声望的微生物学专业之一，研究方向涉及微生物与宿主互作、微生物分子生物学、微生物遗传学、微生物生态学、病原微生物学等多个领域。

中国农业大学：

微生物学与病原生物学专业在国内处于领先地位，研究方向包括微生物遗传学、微生物代谢工程、微生物分子生物学、微生物生态学、微生物发酵工程等多个领域。

华中农业大学：

虽然竞争较大，但该校在微生物学领域也有很高的声誉，尤其在农业微生物方面有着深入的研究。

南京大学：

微生物学专业在国内处于领先地位，拥有一支实力雄厚的师资队伍和先进的实验设备。

这些学校在微生物学领域都有很强的学术实力和研究背景，建议根据个人兴趣、专业背景和目标院校的具体情况来选择合适的学校。