南方医科大学在综合实力和排名上优于重庆医科大学，因此从考研的角度来看，南方医科大学是更好的选择。以下是具体的比较：

综合实力

南方医科大学是由原第一军医大学更名后交由广东省教育厅管理的大学，拥有更强的综合实力。

重庆医科大学虽然也是西南地区知名的医科大学，但在综合实力上不如南方医科大学。

排名

在校友会大学排行榜中，南方医科大学排在第83名，而重庆医科大学则排名112位。

录取分数线

南方医科大学在重庆市的录取分数线较高，历史类和物理类2022年最低分分别为533分和547分，均超过了重庆医科大学的509分和515分。

专业优势

南方医科大学和重庆医科大学在专业上各有侧重，南方医科大学在基础和中西医方面较强，而重庆医科大学在临床医学方面表现突出。

地理位置

南方医科大学位于广东省广州市，地理位置优越，区位优势明显，而重庆医科大学位于重庆市，虽然也有较好的地理位置，但整体实力稍逊于南方医科大学。

建议：

如果你在考虑考研，且希望进入综合实力更强、排名更高的学校，南方医科大学是更好的选择。

如果你对临床医学专业有浓厚兴趣，且希望在重庆地区发展，重庆医科大学也是一个值得考虑的选择，因为该校在临床医学方面有着深厚的教学底蕴和较高的教学质量。