在民航总局直属的学校中，以下几所学校在考研方面具有各自的优势：

中国民航大学

学校背景：由中国民用航空局、天津市人民政府、教育部共建高校，虽然不是985、211、双一流院校，但在教学实力、学术科研实力和资金实力方面占据绝对优势。

专业实力：学科专业覆盖民航主要业务领域，拥有安全科学与工程一级学科博士授权点，11个一级学科硕士授权点，6个专业学位硕士授权点。

考研机会：招生数量可观，每年接近1000人，具有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生资格。

中国民用航空飞行学院

学校背景：位于四川广汉，是世界上规模最大的以训练飞行员为主的学校之一。

专业优势：航空艺术和管理专业较强，就业情况良好。

考研难度：相对于其他知名航空院校，如北京航空航天大学、西北工业大学、哈尔滨工业大学和南京航空航天大学，考研竞争相对较小一些。

南京航空航天大学

学校背景：隶属于工业和信息化部，与民航总局有共建项目，是211、一流学科建设高校。

专业优势：设有专门的民航（飞行）学院，专业包括飞行技术、飞行器适航技术、交通运输等。

考研难度：考研竞争激烈，通常需要350分以上才可能有录取希望，南京航空航天大学相对分数要求略低，但也需要330分以上。

北京航空航天大学

学校背景：具有航空航天特色和工程技术优势的多科性、开放式、研究型全国重点大学。

专业优势：民航信息工程、民航机务工程、飞行技术以及民航适航与维修等专业在业界有很高的声誉。

考研难度：作为国内著名的高等学府，考研竞争非常激烈。

建议

如果你对民航领域的专业有浓厚兴趣，并且希望在一个行业内的认可度较高的学校深造，中国民航大学是一个非常好的选择。它的教学资源和专业实力在行业内享有盛誉，且招生数量可观，考研机会多。

如果你希望专注于飞行员的训练，并且对航空艺术和管理专业感兴趣，中国民用航空飞行学院也是一个值得考虑的选择。虽然考研竞争相对较小，但就业情况非常好。

如果你希望进入一个综合实力强、知名度高的学校，并且对航空航天领域有浓厚兴趣，北京航空航天大学是一个理想的选择。虽然考研难度较大，但学校的整体实力和教育资源非常吸引人。

南京航空航天大学也是一个很好的选择，尤其是对于希望进入民航领域并希望有较好就业前景的学生。不过，考研竞争较为激烈，需要较高的分数才能录取。

根据以上分析，具体选择哪所学校进行考研，还需结合个人的兴趣、职业规划以及自身的学术背景和实力来综合考虑。