第二年考研档案的存放方式需根据就业状态和学校要求选择，具体如下：

一、主要存放方式

暂存学校（推荐）

若第二年仍在校攻读或申请暂缓就业，可将档案交回母校保管，期间无需缴纳费用。两年内可转至录取院校，保留应届毕业生身份。 - 操作流程：

联系学校档案管理部门，提交暂缓就业申请并办理相关手续。

挂靠人才市场

若已毕业未就业，需前往户籍地或意向城市的人才市场办理挂靠手续，需缴纳挂档费。档案需通过学校邮寄至人才市场，期间不可自行提取。 - 注意事项：

部分城市人才市场提供线上办理服务，可提前咨询当地人才交流中心。

打回原籍

档案可寄回户籍所在地的人力资源和社会保障局或人才市场，无需额外费用。需在报到时主动联系原籍机构办理调档。

二、注意事项

档案真实性：

档案需由具备档案管理权限的机构保管（如学校、人才市场），自行保留可能导致政审不通过或无法参加复试。

时间限制：暂存学校档案需在两年内转出，超期可能被退回原籍。

在职备考：若已就业，档案应存放于工作单位或单位所在地人才市场，具体要求需咨询单位人事部门。

信息更新：档案中需确保学历、成绩等信息的最新状态，避免影响政审和入职流程。

三、建议流程（以暂存学校为例）

申请暂缓就业：

联系本科院校档案管理部门提交申请，填写相关表格。

接收档案：

学校审核通过后，档案将定期寄送至目标院校。

调档准备：

考研成功后，凭录取通知书到校办理档案转移手续。

综上，第二年考研档案的存放需结合就业规划与学校政策，优先选择暂存学校以简化流程并保留应届身份。