管理会计的主管部门是中国总会计师协会（简称“中总协”），其管理职能和隶属关系如下：

主管部门与性质

中国总会计师协会是财政部下属的跨地区、跨部门、跨行业的全国非营利性社团组织，负责管理会计师专业能力培训和认证工作，与主管注册会计师考试的中国注册会计师协会（CPA）属于同一性质。

管理范围

负责管理会计师职业能力水平评价（包括初级、中级、高级三个级别）；

组织继续教育及专业发展活动；

制定考试大纲、命题及合格标准。

证书体系

管理会计师证书（PCMA）分为三个级别，面向不同从业群体：初级（中基层从业者及在校生）、中级（中高级从业者）、高级（资深从业者）。考试采用全国统一制度，由中总协统一组织。

行业定位

管理会计作为财政部委托中总协培养的专业人才项目，所有持证人员均被列为国家重点培养对象，服务于企业及行政事业单位的内部管理需求。

综上，管理会计的主管部门为中国总会计师协会，其职能涵盖职业资格认证、能力评价及行业人才培养等。